核酸電泳是利用電場驅動帶電的核酸分子（DNA或RNA）通過凝膠介質，從而根據其大小（長度）和構象進行分離、鑒定和定量的一種基礎分子生物學技術。

簡單來說，它就像讓DNA/RNA“賽跑"，小個頭的跑得快，大個頭的跑得慢，最終在凝膠上形成不同位置的條帶，供我們分析。

一、核酸電泳基本原理

這個技術基于兩個核心原理：

1、核酸帶負電：DNA和RNA的磷酸骨架在常規的堿性或中性緩沖液（如TAE、TBE）中帶有負電荷。

2、凝膠的分子篩效應：凝膠（瓊脂糖或聚丙烯酰胺）內部充滿網狀孔隙。較小的核酸分子可以輕松穿過孔洞，移動較快；較大的核酸分子則會被孔洞阻礙，移動較慢。

當我們將核酸樣本置于凝膠一端并施加電場時，帶負電的核酸分子會向正極（陽極） 遷移。經過一段時間后，不同大小的分子就會在凝膠上按長度分離開。

二、核酸電泳基關鍵組成部分

1、電泳儀：提供穩定直流電源的裝置。

2、電泳槽：盛放緩沖液和凝膠的容器，內有正負電極。對于核酸，水平電泳槽為常見。

3、凝膠：

（1）瓊脂糖凝膠：常用，用于分離100 bp 至 25 kb 的DNA片段。操作簡單，通過改變瓊脂糖濃度（如0.5%-2%）來調整分離范圍。濃度越高，孔徑越小，越適合分離小片段。

（2）聚丙烯酰胺凝膠：分辨率高，用于分離小于1000 bp 的核酸片段（如測序產物、小RNA），甚至可以區分長度相差僅1個堿基的分子。通常使用垂直電泳系統。

4、電泳緩沖液：

（1）TAE 和 TBE 是常用的兩種。它們維持穩定的pH和離子強度，提供電導。

（2）TBE的緩沖能力更強，適合長時間電泳或需要高分辨率的實驗（如小片段分離）。TAE則更常用于常規DNA回收。

5、上樣緩沖液：

（1）與核酸樣本混合后上樣。

（2）作用：增加樣本密度使其沉入加樣孔；提供顏色（通常為藍色或紫色）以監控電泳進程；含有示蹤染料（如溴酚藍、二甲苯青），其遷移速率大致對應特定大小的DNA片段，可用于估計電泳進度。

6、核酸染料：用于染色，使肉眼不可見的核酸條帶可視化。

（1）溴化乙錠：傳統染料，插入DNA雙鏈，有潛在致癌性，使用時需格外小心。

（2）新一代熒光染料（如GelRed, SYBR Safe, SYBR Green）：安全性更高，靈敏度也更好，已成為主流。

7、DNA分子量標準：也稱為DNA Marker/Ladder。這是一系列已知精確長度的DNA片段的混合物。與待測樣本一起上樣，通過對比條帶位置，可以準確確定未知核酸片段的大小。

三、核酸電泳標準工作流程

1、制膠：將瓊脂糖粉末與緩沖液混合加熱熔化，冷卻至合適溫度后加入核酸染料，倒入模具并插入梳子，凝固后形成帶有加樣孔的凝膠。

2、上樣：將DNA樣本與上樣緩沖液混合，用微量移液器小心加入加樣孔中。

3、電泳：

（1）將凝膠放入電泳槽，加入足量緩沖液浸沒凝膠。

（2）連接電源（負極靠近加樣孔，正極遠離），設置合適的電（通常為5-10 V/cm凝膠長度）。

（3）開啟電源，核酸分子向陽極遷移。

4、成像與分析：

（1）電泳結束后，關閉電源。

（2）將凝膠放入紫外透射儀或藍光透射儀中。

（3）核酸染料在特定光源激發下發出熒光，使DNA條帶清晰可見。使用成像系統拍照并分析條帶的大小、亮度和純度。

四、主要應用

1、PCR產物驗證：確認PCR是否成功擴增出預期大小的片段。

2、DNA片段大小鑒定：通過對比Marker，確定未知DNA片段的大小。

3、DNA定量：粗略估計DNA樣本的濃度（通過與已知濃度的標準條帶亮度比較）。

4、限制性酶切分析：鑒定質粒或基因組DNA經限制性內切酶切割后的片段圖譜。

5、DNA純化回收：從凝膠上切下目標條帶，用于后續克隆、測序等實驗。

6、RNA完整性檢測：通過變性瓊脂糖凝膠電泳觀察真核生物RNA的28S和18S rRNA條帶是否清晰，以判斷RNA是否降解。

五、影響電泳結果的關鍵因素

1、凝膠濃度：決定分離范圍。

2、電壓：電壓過高會導致條帶擴散、模糊（產熱過多），電壓過低則耗時過長。

3、核酸構象：超螺旋、線性、開環的相同大小DNA分子遷移速率不同。

4、緩沖液狀態：緩沖液重復使用會導致離子強度變化，影響遷移和分辨率。

六、總結

核酸電泳是分子生物學實驗室的“眼睛"，是一種實驗室分析、鑒定和制備核酸的工具。其原理簡單，操作便捷，能直觀地展示實驗結果，是幾乎所有涉及DNA和RNA實驗的基礎步驟。